Le laboratoire des Mycobactéries contribue, depuis sa création, au programme national de lutte anti-tuberculeuse, en collaboration étroite avec la Direction des Soins de Santé de Base et ce à deux niveaux :
Le contrôle des lames d’examen direct provenant des centres périphériques dans tous les gouvernorats du pays ; cette activité se chiffre par une moyenne de 7000 lames contrôlées par an
La formation des techniciens des centres périphériques sur le diagnostic de la tuberculose.

Par ailleurs, quoique le Laboratoire de Bactériologie à l’Hôpital Ariana contribue pour une grande part aux activités d’isolement des souches et à l’analyse de leur sensibilité aux antibiotiques à l’échelle nationale, le laboratoire de l’IPT entretient de manière constante une activité analogue, avec certains hôpitaux (en particulier celui de la Rabta et les hôpitaux régionaux de Menzel Bourguiba et Zaghouan). Le laboratoire est le seul dans le pays à offrir des prestations pour la caractérisation génétique poussée des souches de mycobactéries (séquençage des gènes de résistance et typage moléculaire).