Parmi les missions de l'Institut Pasteur de Tunis (IPT), la formation à la recherche et par la recherche est l'une des plus importantes. Cette mission s’adresse essentiellement aux niveaux universitaires et post-universitaires, soit par l’encadrement, soit en délivrant un enseignement ou une formation. Toute personne souhaitant étudier à l'Institut Pasteur de Tunis, doit avant tout s'inscrire dans une structure universitaire.
Encadrement post-universitaire et universitaire
Le rôle d'encadrement assumé par les laboratoires de l'Institut Pasteur de Tunis dans le cadre des études doctorales et de mastère s'est nettement renforcé depuis la réforme, en 1997, du Statut des Biologistes de l'Institut. Le nouveau statut (Décret N°98-794 du 6 Avril 1998 qui remplace l'ancien Décret N°68-1123 du 17 Novembre 1986) introduit pour la première fois le principe de recrutement et de la promotion sur concours, la mise de ce personnel sous tutelle conjointe du Ministère de l'Enseignement Supérieur et du Ministère de la Santé Publique. Les nouvelles dispositions introduisent le droit à l'encadrement des étudiants et à l'habilitation universitaire dans le cadre de l'Université de Tunis El Manar et de l'école doctorale Sciences et technologie du Vivant et de la Terre
Enseignement / Stage / Formation continue
L'Institut Pasteur de Tunis organise de façon régulière des cours méthodologiques spécialisés de courte durée (1 à 8 semaines). Il s'agit d'un enseignement théorique et pratique des techniques avancées de laboratoires destinés à des étudiants et des jeunes chercheurs dans le domaine de la biologie et de la santé. Les candidats proviennent des différentes universités et centres de recherche tunisiens et étrangers en particulier de la région Afrique du Nord, Moyen Orient et des membres du Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés