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Le Laboratoire de Pathologies animales a été désigné, depuis 2001, par la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture, en tant que Laboratoire de diagnostic de la clavelée chez les ovins. Ceci entre dans le cadre du Programme Maghrébin de Suivi et d’Eradication de la clavelée dans les pays du Maghreb, entamé par la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture en collaboration avec l’Institut Pasteur de Tunis. A ce titre, le Laboratoire Microbiologie Vétérinaire assure :
l’isolement sur culture cellulaire et l’identification du virus de la clavelée à partir d’échantillons reçus du terrain
la détermination de la nature des souches virales circulantes sur le plan de leur pathogénicité, étant donné qu’un programme national de vaccination est en cous d’application dans le pays.

Ainsi, depuis le démarrage de cette activité, une dizaine d’isolats a été obtenue; leur identification par la technique de séro-neutralisation sur cultures primaires de reins et de testicules d’agneaux, a permis de confirmer 5 isolats du virus sauvage de la clavelée, qui se sont adaptés aux cultures sur la lignée Vero

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L’activité du laboratoire de contrôle des eaux et denrées alimentaires  dans le cadre du Programme national de surveillance des denrées alimentaires et des eaux :

1. La surveillance de la qualité sanitaire des eaux de boisson et des denrées alimentaires, nécessaire à la prévention des toxi-infections alimentaires telles que les salmonelloses, et des maladies à transmission hydrique telles que la fièvre typhoïde et le choléra.
2. La surveillance de la qualité sanitaire des eaux de baignade (eaux de mer, de piscines, de puits...) des eaux de conchyliculture et des eaux usées, notamment dans le cadre du programme international OMS/PNUE sur la pollution de la mer Méditerranée (Voir plus haut).
3. La participation à l’établissement des normes tunisiennes (INNORPI) concernant la qualité des eaux et des aliments.
4. L’organisation de cours de formation nationaux

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L’institut Pasteur intervient dans le programme national de lutte contre le paludisme à plusieurs niveaux :
Le laboratoire de Parasitologie Clinique  agit en tant que référence pour le réseau des laboratoires périphériques des centres des soins de santé de base. Il assure un examen de contrôle de 10% des frottis et gouttes épaisses effectuées en périphérie, soit environ 6000 lames par an, ainsi que le contrôle toutes les lames étiquetées positives.
Le laboratoire de Parasitologie Clinique contribue également à la surveillance des étudiants résidents non permanents en Tunisie et des sportifs originaires des zones d’endémie palustre ; cette activité couvre environ 500 individus par an.
Le service de vaccination intervient par le conseil et la prescription de la chimio- prophylaxie pour les voyageurs se dirigeant vers les zones à risque palustre

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Le rôle du centre national dans lequel contribue le laboratoire de contrôle des eaux et denrées alimentaires est :

• de pousser les investigations au delà des tests courant pour l’identification des pathovars de E. Coli,
• de déterminer sérotype, biotype et lysotype indispensables à toute étude épidémiologique
• de participer à la surveillance au niveau national des salmonelloses humaines et vétérinaires, des shigelloses et du choléra, en informant, en particulier le Ministère de la Santé de tout évènement épidémiologique, ce qui n’est possible qu ‘en regroupant en un seul centre les informations
• d'être, dans sa spécialité, le conseiller des laboratoires tant pour les problèmes techniques que pour les informations épidémiologiques qui les intéressent.

Un bilan annuel des souches répertoriées en Tunisie est établi par le centre, ce qui contribue à la surveillance nationale et internationale des Salmonella, Shigella et Vibrio cholerae