Séquençage NGS

La solution génomique haut débit

Séquençage de génome complet

Les nouvelles technologies de séquençage offrent l'opportunité d'analyser l'intégralité de la structure primaire du génome d'un organisme isolé, qu'il soit eucaryote, procaryote ou viral.

L'analyse des données de séquençage permet de caractériser et décrire précisément tout type d'organisme et répond ainsi à une très large diversité de problématiques de recherche.

Les applications du séquençage de génome complet

Le séquençage de génome complet répond à des problématiques majeures de recherche pour de nombreux secteurs (Santé et Environnement...) :

WGS – L'offre IPT-Omics

Spécialistes de cette approche, les équipes IPT-Omics vous proposeront des solutions sur mesure, en fonction de l'objectif de chaque projet, adaptées à la taille du génome d'intérêt et à son niveau de complexité.

Transcriptomique – Analyser l'expression des gènes

Chez IPT-Omics, nous exploitons la puissance du RNA-Seq pour identifier, quantifier et interpréter l'expression des gènes dans vos cellules, tissus ou organismes modèles. Cette approche révèle les mécanismes moléculaires en jeu sous différentes conditions expérimentales , un atout majeur pour la recherche fondamentale, le développement de biothérapies ou l'optimisation de procédés biotechnologiques.

Qu'est-ce que la transcriptomique et pourquoi l'étudier ?

La transcriptomique permet de déterminer quels gènes sont activement exprimés, à quel moment et dans quelles conditions. Grâce aux technologies de séquençage haut débit, elle offre une vision complète et quantitative de l'activité génique, aussi bien chez les organismes procaryotes qu'eucaryotes.

C'est aujourd'hui l'une des méthodes les plus puissantes pour comprendre les réponses cellulaires à un stress, un traitement, un environnement ou un stade de développement.

Nos applications RNA-Seq

Notre offre couvre l'ensemble des besoins en analyse transcriptomique :

• ✓ Étude de l'expression différentielle entre conditions ou traitements
• ✓ Quantification de l'abondance des transcrits (ARNm)
• ✓ Annotation fonctionnelle des gènes exprimés
• ✓ Détection de variants ponctuels (SNP) à partir des transcrits
• ✓ Intégration multi-omique avec les données génomiques ou métagénomiques

Séquençage d'exomes

Le séquençage d'exome consiste à analyser l'ensemble des régions codantes du génome humain (exons), qui représentent environ 1 à 2 % du génome mais contiennent près de 85 % des mutations responsables de maladies génétiques.

Cette approche est particulièrement utilisée pour :

• • Identifier des mutations dans des gènes impliqués dans des voies biologiques spécifiques, notamment les voies de régulation cellulaire.
• • Détecter des variants génétiques (SNP, Indels) associés à différentes pathologies telles que :
  • ◦ les cancers héréditaires
  • ◦ les maladies cardiovasculaires
  • ◦ les troubles de la coagulation
  • ◦ les maladies génétiques rares

Séquençage ciblé – Analyser en profondeur des régions d'intérêt

Le séquençage ciblé permet l'analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d'échantillons en parallèle.

Grâce au séquençage NGS sur les plateformes iSeq 100 et NextSeq 1000, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d'un génome entier.