Bioinformatique

Analyses avancées pour donner du sens à vos données génomiques

Chez IPT-Omics, nos bioinformaticiens mettent leur expertise au service de vos projets pour transformer vos données de séquençage en résultats exploitables. De l'assemblage à l'annotation, en passant par la comparaison de génomes, nous vous accompagnons à chaque étape de l'analyse.

Assemblage – Reconstituer fidèlement les données génomiques

Les performances des technologies NGS reposent en grande partie sur les méthodologies et les capacités bioinformatiques de reconstituer l'intégralité des séquences visées (contigs ou scaffolds) à partir d'un très grand nombre de fragments de génomes ou transcriptomes.

La première tâche est d'ordonner et d'assembler ces fragments d'information en s'appuyant sur des génomes de référence. Le but est d'identifier les variations avec le standard, puis, dans un second temps, d'en comprendre le rôle et l'influence. Pour cela, nos bioinformaticiens font appel à des algorithmes sous forme de processus semi-automatisés. Cela nécessite des capacités de calcul et d'analytique considérables, de sorte que la génomique est aujourd'hui l'un des premiers champs d'application du calcul haute performance (HPC) et du Big Data.

Les applications de l'assemblage

L'assemblage permet de reconstituer un génome complet à partir des nouvelles techniques de séquençage, soit en s'appuyant sur des génomes de référence, soit dans une démarche de novo. Cette reconstruction donne une image plus complète et plus détaillée des données génomiques, pour en faciliter l'interprétation.

L'offre IPT-Omics – Assemblage

Pour obtenir les meilleurs résultats, IPT-Omics associe les méthodes les plus adaptées à chaque problématique :

Annotation – Comprendre le génome

Les annotations génomiques visent à associer le séquençage d'un génome ou d'un transcriptome à une information biologique exploitable. À partir d'assemblages de haute qualité, IPT-Omics fournit des annotations précises qui sont indispensables à la compréhension des fonctions biologiques des organismes.

Les applications des annotations génomiques

En reliant les données de séquençage et les connaissances déjà acquises sur un génome, les annotations approfondissent la connaissance d'un génome. Le but est d'identifier les variations avec le standard puis, dans un second temps, d'en comprendre le rôle et l'influence. Les annotations donnent des indications pour comprendre les évolutions d'un organisme ou de son expression génique (pathologie).

L'offre IPT-Omics – Annotations génomiques

Comparaison de génomes et détection de mutations

L'un des grands défis de la génomique est de pouvoir lier le phénotype avec l'information génétique disponible. La détection de mutations et la comparaison de génomes complets permet de dépasser le stade de l'observation génomique, pour donner un sens aux données de séquençage, pour faire progresser vos recherches.

Applications de la comparaison de génomes et de la détection des mutations

L'analyse comparée des génomes et la détection de mutations sont mobilisées pour repérer les gènes et les mutations d'intérêt, par rapport à un phénotype moléculaire ou cellulaire : antibiorésistance, action enzymatique, etc.

💬 Discutons de votre projet bioinformatique

Notre équipe de bioinformaticiens est à votre disposition pour concevoir la solution d'analyse adaptée à vos données.

Service de qPCR sur mesure

Développement et optimisation de vos tests qPCR personnalisés

IPT-Omics vous accompagne dans le développement et l'optimisation de vos tests qPCR sur mesure. Notre équipe conçoit des assays spécifiques adaptés à vos besoins, qu'il s'agisse de détecter des souches génétiquement modifiées, de différencier des espèces au niveau taxonomique souhaité (souche, espèce, genre) ou d'analyser des gènes d'intérêt (fonction enzymatique, RT-qPCR, etc.).

Une expertise de pointe en qPCR personnalisée

Notre workflow appliqué à la qPCR

Nos domaines d'application

💬 Discutons de votre projet qPCR

Notre équipe est à votre disposition pour concevoir la solution qPCR adaptée à vos besoins spécifiques.

Métagénomique

Une analyse puissante des communautés d'organismes

Chez IPT-Omics, nous transformons les données métagénomiques en insights exploitables, grâce à des analyses sur mesure et un accompagnement scientifique de pointe.

Pourquoi choisir la métagénomique ?

La métagénomique permet d'analyser la diversité et le fonctionnement des communautés microbiennes directement dans leur environnement, sans culture préalable. Elle offre une compréhension approfondie de la composition, des interactions et des fonctions du microbiome, ouvrant la voie à des applications majeures.

La métagénomique : notre expertise

Notre expérience nous a aidés à développer et à affiner des méthodologies robustes et adaptées à la singularité de chaque type d'échantillon, garantissant ainsi la pertinence et la fiabilité de vos résultats.

 L'assurance qualité au cœur de notre démarche

Nous avons mis en place un système de contrôle qualité interne systématique et exhaustif permettant de valider la performance de nos protocoles et d'assurer l'intégrité de vos résultats.

🔬 Des méthodologies adaptées à chaque type d'échantillon

Chaque matrice biologique ou environnementale est unique et nécessite une approche spécifique. Grâce à notre expertise, nous avons développé des protocoles optimisés pour différentes matrices.

⚙️ Plus de technologies, plus de personnalisation

Nous proposons des technologies de séquençage ADN entièrement adaptées à vos objectifs analytiques :

Selon le niveau d'analyse souhaité, nos protocoles sont disponibles en :

Séquençage NGS

La solution génomique haut débit

Séquençage de génome complet

Les nouvelles technologies de séquençage offrent l'opportunité d'analyser l'intégralité de la structure primaire du génome d'un organisme isolé, qu'il soit eucaryote, procaryote ou viral.

L'analyse des données de séquençage permet de caractériser et décrire précisément tout type d'organisme et répond ainsi à une très large diversité de problématiques de recherche.

Les applications du séquençage de génome complet

Le séquençage de génome complet répond à des problématiques majeures de recherche pour de nombreux secteurs (Santé et Environnement...) :

WGS – L'offre IPT-Omics

Spécialistes de cette approche, les équipes IPT-Omics vous proposeront des solutions sur mesure, en fonction de l'objectif de chaque projet, adaptées à la taille du génome d'intérêt et à son niveau de complexité.

Transcriptomique – Analyser l'expression des gènes

Chez IPT-Omics, nous exploitons la puissance du RNA-Seq pour identifier, quantifier et interpréter l'expression des gènes dans vos cellules, tissus ou organismes modèles. Cette approche révèle les mécanismes moléculaires en jeu sous différentes conditions expérimentales , un atout majeur pour la recherche fondamentale, le développement de biothérapies ou l'optimisation de procédés biotechnologiques.

Qu'est-ce que la transcriptomique et pourquoi l'étudier ?

La transcriptomique permet de déterminer quels gènes sont activement exprimés, à quel moment et dans quelles conditions. Grâce aux technologies de séquençage haut débit, elle offre une vision complète et quantitative de l'activité génique, aussi bien chez les organismes procaryotes qu'eucaryotes.

C'est aujourd'hui l'une des méthodes les plus puissantes pour comprendre les réponses cellulaires à un stress, un traitement, un environnement ou un stade de développement.

Nos applications RNA-Seq

Notre offre couvre l'ensemble des besoins en analyse transcriptomique :

• ✓ Étude de l'expression différentielle entre conditions ou traitements
• ✓ Quantification de l'abondance des transcrits (ARNm)
• ✓ Annotation fonctionnelle des gènes exprimés
• ✓ Détection de variants ponctuels (SNP) à partir des transcrits
• ✓ Intégration multi-omique avec les données génomiques ou métagénomiques

Séquençage d'exomes

Le séquençage d'exome consiste à analyser l'ensemble des régions codantes du génome humain (exons), qui représentent environ 1 à 2 % du génome mais contiennent près de 85 % des mutations responsables de maladies génétiques.

Cette approche est particulièrement utilisée pour :

• • Identifier des mutations dans des gènes impliqués dans des voies biologiques spécifiques, notamment les voies de régulation cellulaire.
• • Détecter des variants génétiques (SNP, Indels) associés à différentes pathologies telles que :
  • ◦ les cancers héréditaires
  • ◦ les maladies cardiovasculaires
  • ◦ les troubles de la coagulation
  • ◦ les maladies génétiques rares

Séquençage ciblé – Analyser en profondeur des régions d'intérêt

Le séquençage ciblé permet l'analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d'échantillons en parallèle.

Grâce au séquençage NGS sur les plateformes iSeq 100 et NextSeq 1000, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d'un génome entier.

Séquençage Sanger

La solution génomique bas débit

Le séquençage Sanger est une solution éprouvée d'analyse des bases nucléotidiques, pour des fragments compris entre 100 et 1 200 pb.

Les applications du séquençage Sanger

Malgré l'émergence de technologies de nouvelles générations (NGS), le séquençage Sanger reste une méthode de référence dans de nombreux domaines grâce à sa rapidité, sa fiabilité et sa précision.

Notre offre

Flexible et disponible, notre équipe réalise le séquençage depuis la préparation de vos échantillons jusqu'à l'analyse de vos données. Retrouvez nos documentations ci-dessous vous permettant de découvrir nos offres mais également de préparer votre formulaire de demande de séquençage.

PROCESSUS DE SÉQUENÇAGE

Pipeline analytique — Séquençage capillaire

Service optimisé

À partir de votre mélange produit PCR + amorce ou même de la réaction de séquençage réalisée par vos soins, nous prenons en charge vos échantillons à un stade plus avancé pour un tarif optimisé.

Téléchargez nos formulaires