Séquençage ciblé - Analyser en profondeur des régions d’intérêt

Le séquençage ciblé permet l’analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d’échantillons en parallèle.
Grâce au séquençage NGS sur les plateformes  iSeq 100, NextSeq1000® , de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d’un génome entier.

Les applications

Le séquençage ou reséquençage ciblé permet d’atteindre des objectifs très spécifiques :

• Ciblage de régions génomiques d'intérêt
• Couverture complète de régions codantes avec un volume limité de données d’analyse génomique
• Analyse des gènes microbiens

L’offre IPT’Omics

Séquençage d’amplicons

Des régions cibles sont amplifiées par PCR à partir d’amorces spécifiques initialement définies. Les amplicons obtenus sont ensuite séquencés par NGS après ajout des adaptateurs de séquençage. Les approches de multiplexage permettent de séquencer en parallèle plusieurs amplicons issus de différents échantillons.

Séquençage d’exomes

Le séquençage d’exome consiste à analyser l’ensemble des régions codantes du génome humain (exons), qui représentent environ 1 à 2 % du génome mais contiennent près de 85 % des mutations responsables de maladies génétiques.

Cette approche est particulièrement utilisée pour :

• Identifier des mutations dans des gènes impliqués dans des voies biologiques spécifiques, notamment les voies de régulation cellulaire.
• Détecter des variants génétiques (SNP, Indels) associés à différentes pathologies telles que :
  • les cancers héréditaires
  • les maladies cardiovasculaires
  • les maladies génétiques rares

Le séquençage d’exome permet ainsi d’obtenir une vision globale des variations génétiques potentiellement pathogènes et constitue un outil puissant en médecine de précision et recherche biomédicale.

Transcriptomique - Analyser l’expression des gènes

Chez IPT’omics, nous exploitons la puissance du RNA-Seq pour identifier, quantifier et interpréter l’expression des gènes dans vos cellules, tissus ou organismes modèles. Cette approche révèle les mécanismes moléculaires en jeu sous différentes conditions expérimentales — un atout majeur pour la recherche fondamentale, le développement de biothérapies ou l’optimisation de procédés biotechnologiques.

Qu’est-ce que la transcriptomique et pourquoi l’étudier ?

La transcriptomique permet de déterminer quels gènes sont activement exprimés, à quel moment et dans quelles conditions. Grâce aux technologies de séquençage haut débit, elle offre une vision complète et quantitative de l’activité génique, aussi bien chez les organismes procaryotes qu’eucaryotes. 

C’est aujourd’hui l’une des méthodes les plus puissantes pour comprendre les réponses cellulaires à un stress, un traitement, un environnement ou un stade de développement. 

Nos applications RNA-Seq

Notre offre couvre l’ensemble des besoins en analyse transcriptomique :
- Étude de l’expression différentielle entre conditions ou traitements
- Quantification de l’abondance des transcrits (ARNm)
- Annotation fonctionnelle des gènes exprimés
- Détection de variants ponctuels (SNP) à partir des transcrits
- Intégration multi-omique avec les données génomiques ou métagénomiques

Vous souhaitez cibler quelques gènes d’intérêt ? Nous proposons également des solutions de quantification par RT-qPCR, une solution ciblée, rapide et économique.

Séquençage de génome complet - Une caractérisation génomique précise

Les nouvelles technologies de séquençage offrent l’opportunité d’analyser l’intégralité de la structure primaire du génome d’un organisme isolé qu’il soit eucaryote, procaryote ou viral.
L’analyse des données de séquençage permet de caractériser et décrire précisément tout type d’organisme et répond ainsi à une très large diversité de problématiques de recherche.

Les applications du séquençage de génome complet

Le séquençage de génome complet répond à des problématiques majeures de recherche pour de nombreux secteurs (Santé et Environnement...) :

- Connaissance des gènes d’un organisme  et de leur organisation

- Détermination de biomarqueurs diagnostiques ou phénotypiques

- Recherche de gène(s) de susceptibilité, adaptabilité, résistance

WGS - L’offre IPT’omics

L'équipe IPT’omics vous proposer des solutions sur mesure, en fonction de l'objectif de chaque projet, adaptées à la taille du génome d'intérêt et à son niveau de complexité.

Comparaison de génomes & Analyse différentielle

Comparaison de génomes et détection de mutations

Relier le phénotype aux données génomiques est un défi majeur. Nos solutions permettent de détecter les mutations et de comparer des génomes complets, pour identifier des gènes ou variations clés liées à un phénotype moléculaire ou cellulaire.

Applications :

• Identification de cibles thérapeutiques
• Sélection de souches spécifiques
• Découverte de nouveaux biomarqueurs

La détection de mutations (SNP, INDEL) repose sur le mapping des séquences sur un génome de référence, garantissant une comparaison fiable entre échantillons.

Analyse de l’expression génique

L’étude de l’expression des gènes révèle les mécanismes cellulaires et permet d’identifier des biomarqueurs d’intérêt. Grâce au RNA-Seq, nous comparons l’expression génétique :

• Entre tissus sains et pathologiques
• Sous différentes conditions (stress, nutrition, pollution…)
• À différents stades de développement

Avantages :

• Analyse complète du transcriptome, sans connaissances préalables
• Possibilité de générer un transcriptome de novo
• Identification de gènes et biomarqueurs clés

Analyse bioinformatique & Assemblage

Nos experts reconstituent des génomes et transcriptomes à partir de fragments de séquençage grâce à des algorithmes avancés :

• Assemblage de novo ou basé sur référence
• Mapping sur séquences de référence
• Annotation structurale et fonctionnelle

Cette approche permet d’identifier les variations génomiques et de comprendre leur rôle biologique.

Annotation – Comprendre le génome

L’annotation relie les séquences aux fonctions biologiques :

• Structurale : localisation des gènes et ORFs
• Fonctionnelle : comparaison avec des bases de données pour identifier motifs et fonctions biologiques

Pourquoi choisir IPT’omics ?

• Accompagnement complet, du design expérimental à l’analyse bioinformatique
• Protocoles optimisés pour fiabilité et reproductibilité
• Rapports clairs et synthétiques, mettant en évidence les différences clés

Service de qPCR sur mesure

IPT’Omics vous accompagne dans le développement et l’optimisation de vos tests qPCR sur mesure. Notre équipe conçoit des assays spécifiques adaptés à vos besoins, qu'il s'agisse de détecter des souches génétiquement modifiées, de différencier des espèces au niveau taxonomique souhaité (souche, espèce, genre) ou d'analyser des gènes d’intérêt (fonction enzymatique, RT-qPCR, etc.).

Une expertise de pointe en qPCR personnalisée 

Développement de qPCR sur mesure

Design in silico, validation in vitro, optimisation des conditions expérimentales.

Optimisation et validation de designs existants

Amélioration de la sensibilité, efficacité et robustesse.

Aide au transfert et validation sur vos équipements

Assistance pour l'intégration de la méthode sur votre matériel.

Notre workflow appliquée à la qPCR