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Depuis 1981, le laboratoire de Contrôle des Eaux et Denrées Alimentaires participe, en qualité de Centre National Collaborateur, au programme PNUE/OMS de surveillance continue et de recherche sur la pollution microbiologique de la mer Méditerranée « MED POL ». Cette activité est conduite en collaboration avec les services d’hygiène de Tunis, Ben Arous et Ariana, la Direction de l’Hygiène du milieu et de protection de l’environnement (DHMPE) du Ministère de la Santé Publique et de l’Agence Nationale de protection de l’Environnement, coordinateur national du programme « MED POL ». La contribution du laboratoire à l’IPT consiste à la surveillance microbiologique régulière des eaux littorales du Golfe de Tunis (eaux de baignade et eaux de conchyliculture), à des études ponctuelles sur le reste du littoral tunisien et à la formation des opérateurs. Environ 102 stations de prélèvement, couvrant tout le littoral du Golfe de Tunis, permettent un échantillonnage représentatif des eaux littorales du golfe avec environ 1200 échantillons analysés par an. En ce qui concerne les activités de formation, outre les stagiaires qui sont régulièrement acceptés au laboratoire, trois cours internationaux théoriques et pratiques ont été organisés en 19984, 1989 et 1993. Chaque cours a permis de former environ 25 opérateurs représentant différents pays méditerranéens

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L’Institut Pasteur de Tunis est l’une des trois institutions nationales désignée pour répondre au besoin du Ministère de l’Agriculture en matière de diagnostic et de confirmation des cas suspects de BSE, en Tunisie. A ce titre, Le Laboratoire d’Histologie et le laboratoire d’anatomo-pathologie, en collaboration avec le Laboratoire de la Rage et le Laboratoire de Microbiologie Vétérinaire assure :

• La surveillance de cette pathologie : à cette fin, ont été mis en place les moyens techniques nécessaires (histologie, immuno-histo-chimie et test rapide de diagnostic post-mortem (ELISA) pour répondre à toute demande urgente.
• La réalisation du test rapide (ELISA-BIORAD) pour la recherche de l’agent pathogène dans les échantillons bovins et ovins reçus dans le cadre du diagnostic de la rage et qui se sont avérés négatifs pour la rage.

Ainsi, des encéphales d’animaux suspects, mais négatifs pour la rage, ont été analysés par des techniques histologiques ; tous se sont révélés négatifs. De plus, le test ELISA- Bio-Rad est en cours d’utilisation sur des échantillons congelés.

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Le Laboratoire de Pathologies animales a été désigné, depuis 2001, par la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture, en tant que Laboratoire de diagnostic de la clavelée chez les ovins. Ceci entre dans le cadre du Programme Maghrébin de Suivi et d’Eradication de la clavelée dans les pays du Maghreb, entamé par la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture en collaboration avec l’Institut Pasteur de Tunis. A ce titre, le Laboratoire Microbiologie Vétérinaire assure :
l’isolement sur culture cellulaire et l’identification du virus de la clavelée à partir d’échantillons reçus du terrain
la détermination de la nature des souches virales circulantes sur le plan de leur pathogénicité, étant donné qu’un programme national de vaccination est en cous d’application dans le pays.

Ainsi, depuis le démarrage de cette activité, une dizaine d’isolats a été obtenue; leur identification par la technique de séro-neutralisation sur cultures primaires de reins et de testicules d’agneaux, a permis de confirmer 5 isolats du virus sauvage de la clavelée, qui se sont adaptés aux cultures sur la lignée Vero

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L’activité du laboratoire de contrôle des eaux et denrées alimentaires  dans le cadre du Programme national de surveillance des denrées alimentaires et des eaux :

1. La surveillance de la qualité sanitaire des eaux de boisson et des denrées alimentaires, nécessaire à la prévention des toxi-infections alimentaires telles que les salmonelloses, et des maladies à transmission hydrique telles que la fièvre typhoïde et le choléra.
2. La surveillance de la qualité sanitaire des eaux de baignade (eaux de mer, de piscines, de puits...) des eaux de conchyliculture et des eaux usées, notamment dans le cadre du programme international OMS/PNUE sur la pollution de la mer Méditerranée (Voir plus haut).
3. La participation à l’établissement des normes tunisiennes (INNORPI) concernant la qualité des eaux et des aliments.
4. L’organisation de cours de formation nationaux